Tahun 2003 di Indonesia terjadi wabah Avian Influenza yang di tandai dengan kematian unggas terutama ayam petelur yang sangat tinggi. Hal tersebut menimbulkan berbagai dampak seperti dampak sosial terhadap masyarakat menjadi takut mengkonsumsi bahan pangan asal hewan seperti daging unggas dan telur. Dibidang ekonomi terjadi kerugian yang sangat besar yang berakibat  menurunnya produktivitas yang disebabkan tingginya angka morbiditas dan mortalitas pada ternak unggas.

Sedangkan populasi unggas di Indonesia sekitar 60% terdapat di Jawa bagian barat yang meliputi tiga propinsi yang terdiri dari Jawa Barat, Banten dan DKI Jakarta serta penyakit hewan menular, banyak ditemukan di kawasan tersebut.

Dengan pertimbangan tersebut maka dibangun The Improvement of Animal Health Laboratories for Diagnosises of Avian Influenza and Other Major Diseases of Animals di Subang pada tahun 2008, yang bekerjasama dengan pihak Jepang Japan International Cooperation Agency (JICA) dan merupakan hibah dari pemerintah Jepang. Exchange of Note (E/C) tanggal 13 September 2007 yang ditandatangani oleh Duta besar Jepang di Indonesia dan Departemen Luar Negeri Republik Indonesia.

Berdasarkan SK Menteri Pertanian RI No. 34/Kpts/PD.620/1/2009 tanggal 15 Januari 2009, diterbitkan SK struktur organisasi yaitu Laboratorium Penyidikan dan Pengujian Veteriner (LPPV) Subang. Berdasarkan hasil penilaian dari Menpan SK Nomor : 38.1/permentan/OT.140/8/2009 tanggal 31 Agustus 2009, maka Laboratorium  ini berubah menjadi Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner Subang dan diresmikan oleh Menteri Pertanian  pada tanggal 12 Agustus tahun 2009.

Balai ini merupakan balai percontohan dan akan dijadikan pusat pelatihan dan Refferensi  Nasional.